Quando trabalhamos com seqüências
de macromoléculas é preciso ter bem claro qual o problema
que se quer abordar (esse ponto ainda será discutido com mais detalhe)
para que se possa escolher com critério o tipo de seqüência
a ser utilizado. Para isso, é necessário o conhecimento de
alguns conceitos fundamentais.
HOMOLOGIA NÃO
É A MESMA COISA QUE SIMILARIDADE!
Homologia implica ancestralidade comum entre duas seqüências, podendo apenas ser inferida e nunca quantificada.
Similaridade é a observação empírica das semelhanças entre duas seqüências e pode ser quantificada.
Assim, homologia entre duas seqüências pode ser inferida a partir da similaridade entre ambas!
Mas lembre-se que seqüências
podem ser similares não necessariamente por serem homólogas!
Homoplasias e conversões gênicas também podem resultar
em similaridades entre duas seqüências. Mas antes de falarmos
sobre homoplasia ou conversão gênica, vamos esclarecer mais
alguns pontos importantes sobre homologias.
Seqüências homólogas
podem pertencer a categorias distintas, podendo ser:
1) seqüências ortólogas: as quais têm origem em um ancestral comum
2) seqüências parálogas: as quais têm origem em uma duplicação gênica
3) seqüências xenólogas: as quais têm origem por incursão lateral (por ex., via
retrovírus, hibridação interespecífica, etc.)
Os três casos estão exemplificados a seguir:
Apenas seqüências ortólogas podem ser utilizadas para reconstrução filogenética envolvendo espécies.
As seqüências parálogas são úteis para reconstrução genealógica, ou seja, para a análise da evolução das moléculas e não das espécies que as carregam.
Um possível erro de interpretação devido ao uso de seqüências parálogas para reconstrução filogenética de espécies está representado a seguir:
