Análise quantitativa do processo evolutivo

http://dreyfus.ib.usp.br/bio760/

Programa - 1997

Responsável: Sergio Russo Matioli

Participações especiais: Flora Maria de Campos Fernandes-Matioli

Lúcio Vinícius Castilho

Aulas: segundas-feiras, das 14:00 às 16:30

Outro dia da semana, a escolher, por 1 hora e meia a 2 horas

Avaliação: Para cada dia haverá um conjunto de atividades relacionadas com a leitura do texto correspondente. No final do curso, haverá uma prova consistindo em uma dissertação sobre um tema (dentre os abordados) escolhido pelo aluno. Cada aluno desenvolverá um projeto computacional envolvendo dados moleculares.

Cronograma:

18/08 Introdução e revisão.

25/08 Simpson, G. G. - Tempo and mode in evolution. Columbia University Press, New York, 1944, cap. I e III, pp. 3-29, 97-124

01/09 Simpson, G. G. - Tempo and mode in evolution. Columbia University Press, New York, 1944, cap. IV e VI, pp. 125-148, 180-196.

08/09 Semana da Pátria, não haverá aula.

15/09 Simpson, G. G. - Tempo and mode in evolution. Columbia University Press, New York, 1944, cap. VII, pp. 197-217.

22/09 Gould, S. J.. - Tempo and mode in the macroevolutionary reconstruction of darwinism. In: Fitch, W. M. e Ayala, F. J. Tempo and mode in evolution:Genetics and Paleontology 50 years after Simpson.. National Academy of Sciences, 1995, pp. 125-144.

29/09 Gillespie, J. H. - The causes of molecular evolution. cap. 1, Protein evolution. Oxford series in ecology and evolution, Oxford University Press, 1991, pp. 3-63.

06/10 Gillespie, J. H. - The causes of molecular evolution. cap. 2, DNA evolution. Oxford series in ecology and evolution, Oxford University Press, 1991, pp. 64-104.

13/10 Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J. e Hillis, D. M. - Phylogenetic inference. In: Hillis, D. M., Moritz, C. e Mable, B. K. - Molecular systematics, Sinauer associates, Inc., Sunderland, MA, 1996, pp. 407-430.

20/10 Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J. e Hillis, D. M. - Phylogenetic inference. In: Hillis, D. M., Moritz, C. e Mable, B. K. - Molecular systematics, Sinauer associates, Inc., Sunderland, MA, 1996, pp. 430-446.

27/10 Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J. e Hillis, D. M. - Phylogenetic inference. In: Hillis, D. M., Moritz, C. e Mable, B. K. - Molecular systematics, Sinauer associates, Inc., Sunderland, MA, 1996, pp. 446-477.

03/11 Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J. e Hillis, D. M. - Phylogenetic inference. In: Hillis, D. M., Moritz, C. e Mable, B. K. - Molecular systematics, Sinauer associates, Inc., Sunderland, MA, 1996, pp. 477-509.

10/11 Hillis, D. M., Mable, B. K. e Moritz, C. - Applications of molecular systematics: the state of the field and a look to the future. In: Hillis, D. M., Moritz, C. e Mable, B. K. - Molecular systematics, Sinauer associates, Inc., Sunderland, MA, 1996, pp. 446-509.

17/11 Hudson, R. R. - Gene genealogies and the coalescent process. In: Futuyma, D. e Antonovics, J. - Oxford surveys in Evolutionary Biology. Oxford University Press, Oxford, 1990, pp. 1-44.

24/11 Entrega da dissertação.

Projetos:

1. Análises básicas de dados relativos a freqüências: Equilíbrio, estrutura de populações.

2. Cálculos de distâncias com dados de freqüências.

3. Recuperação de seqüências moleculares em bancos de dados da Internet.

4. Alinhamento de seqüências.

5. Cálculos de distâncias a partir de seqüências

6. Reconstrução de árvores filogenéticas a partir de distâncias

7. Reconstrução de árvores filogenéticas com máxima parcimônia

8. Reconstrução de árvores filogenéticas com máxima verossimilhança