Questionário
5
(Para 16/09/2013)
Texto: Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2007). Patterns in
protein families. Cap. 9. Bioinformatics and molecular evolution.
Blackwell Publishing, Malden. 195-219.
1. Explique, exemplificando, por quê a
presença de domínios múltiplos ou de
módulos em proteínas podem comprometer o
estabelecimento de homologias entre sequências
polipeptídicas.
2. Em quais situações as matrizes PSSM podem
desempenhar melhor que as matrizes PAM ou BLOSUM?
3. Quais são os tamanhos adequados de motivos
conservados para a pesquisa de homologia em bancos de dados e por
quê motivos muito pequenos ou muito grandes causam problemas
na caracterização de homologias?
4. Descreva sucintamente a estratégia de
construção de bancos de dados contendo Blocos
("blocks").
5. Descreva sucintamente a estratégia de pesquisa de
homologia por perfis.
6. O prêmio Nobel de medicina de 2004 foi outorgado a
dois pesquisadores norte-americanos que demonstraram
experimentalmente o funcionamento do sistema olfativo pela
expressão diferencial de genes da enorme família
GPCR. Das estratégias abaixo para a
caracterização de membros "órfãos" da
família, saliente seus pontos fortes e pontos fracos.
a) alinhamento par a par
b) procura por expressões regulares
c) motivos múltiplos
d) perfis