Questionário 3

(para 26/08/2013)

Texto: Baxevanis, A. D. Assessing pairwise sequence similarity: BLAST and FASTA. Cap. 11 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2007). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 295-324

1. Quando há homologia sem similaridade e similaridade sem homologia?

2. Qual é a utilidade do emprego de alinhamentos locais?

3. Que padrões ocorrem quando se emprega o "dotplot" em:
a) regiões que se repetem internamente na sequência?
b) regiões de baixa complexidade?

4. Quais sã as diferenças básicas entre as matrizes PAM e BLOSUM, com relação ás maneiras como elas são calculadas e com relação ás situaçotilde;es nas quais elas devem ser empregadas?

5. Qual é o princípio de funcionamento do algoritmo BLAST? O que significam as suas variações BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX e MEGABLAST?

6. Qual é o princípio de funcionamento do algoritmo FASTA?

7. Defina: HSP, BLAST, BLASTN, BLASTP nr, EST, gss e LCR.

8. Qual é o problema de se fazer pesquisa em bancos de dados com sequências de baixa complexidade? Como esse problema pode ser evitado?