Questionário 10
(para 22/11/2021)
Texto: Patané, J.S.L., Martins Jr, J. e Setubal, J.C. (2018)
Phylogenomics. In: Setubal, J.C., Stoye, J. e Stadler, P.F.
Comparative genomics, methods and protocols. Springer Protocols,
103-187.
1. Os autores compilaram, na seção 2, os conjuntos de dados que
podem ser usados em análises filogenômicas. Cada conjunto de dados
apresenta uma série de vantagens e desvantagens. Sem considerar
aspectos técnicos ou de custos, compare 4 conjuntos de dados, a sua
escolha, para a análise de:
a) Genomas pequenos de procariontes proximamente relacionados.
b) Genomas pequenos de procariontes distantemente relacionados.
c) Genomas de eucariontes proximamente relacionados.
d) Genomas de eucariontes distantemente relacionados.
A comparação pode ser feita na forma de tabela.
2. Na seção 3, os autores discorrem sobre os métodos utilizados para
filogenias de genes individuais, desde a questão dos alinhamentos
até a reconstrução de árvores. Destaque os pontos que você achou
interessantes que não haviam sido abordados até o momento nos textos
estudados para a disciplina.
3. Na primeira parte da seção 4, os autores abordam a questão da
congruência entre árvores de genes e árvores de espécies. Sumarize
os processoas que podem resultar em discrepâncias entre esses níveis
de análise.
4. Na figura 4 está representado o efeito da superamostragem de
dados conflitantes. Explique esse efeito nos procedimentos que
envolvem supermatrizes.