Questionário 8

(para 05/10/2015)

Texto: Pereira, S. L., Russo, C. A. M. e Miyaki, C. Y. e Reconstrução filogenética. Métodos probabilísticos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. Holos, editora e S.B.G., Ribeirão Preto.133-145.

1. Qual é o princípio geral do método de máxima verossimilhança (MMV)?

2. Qual é a utilidade dos modelos de evolução molecular no MMV?

3. Os modelos usados no MMV têm os mesmos nomes daqueles empregados nos métodos que envolvem distância (JC69, F81, TN93, etc.). Entretanto, a forma como esses modelos são usados nos dois métodos diferem bastante. Explique a diferença.

4. Como pode ser feita a procura da árvore mais verossímil?

5. Explique sucintamente a estratégia dos quartetos.

6. Como as taxas heterogêneas de evolução molecular podem ser tratadas com o emprego do MMV?

7. Exemplifique, explicando, um uso para o teste de razão de verossimilhanças (LTR, de "likelihood ratio test").