(para 04/10/2021)
Felsenstein, J. (2004). A digression in History and Philosophy.
Cap. 10. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc.
Sunderland. 123-146
1. Segundo o autor, os pesquisadores Luca Cavalli-Sforza e
Anthony Edwards foram os primeiros a estudar, com um enfoque
algorítmico, os métodos de distância, parcimônia e de máxima
verossililhança. Sumarize essa história.
2. Explique as bases do método proposto por Camin e Sokal.
3. Segundo o autor, os trabalhos de Willi Hennig e de Walter
Zimmerman não foram decisivos para o desenvolvimento dos métodos
de inferência filogenética atuais. Em quais evidências ele se
baseou para apresentar essa visão?
4. Você concorda com o autor a respeito da irrelevância dos
métodos de classificação para a reconstrução de filogenias?
Comente.
Miyaki, C. Y., Russo, C. A. M. e Pereira, S. L. Reconstrução
filogenética. Introdução e o método de máxima parcimônia. In:
Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e
evolução. Holos, editora, Ribeirão Preto. 113-122.
5. O que é a polaridade de um caráter? Exemplifique.
pode ser representada como (A(B(CD))). Note
que esta representação é idêntica topologicamente à representação
(A(B(DC))) e (A((CD)B)). Você deverá conseguir escrever 15 árvores
diferentes.
7. Certas mudanças evolutivas no nível molecular são muito mais
prováveis que outras, como, por exemplo entre transições e
transversões ou entre os muitos tipos de substituição de resíduos
de aminoácidos. Como se pode lidar com esse fato dentro do
método da máxima parcimônia, sem que o seu princípio seja violado?