Questionário 5
(Para 27/09/2021)
Texto: Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2007). Patterns in
protein families. Cap. 9. Bioinformatics and molecular evolution.
Blackwell Publishing, Malden. 195-219.
1. Em uma analogia bastante solta, uma faceta da evolução
das proteínas é que ela parece com o brinquedo Lego®. Novas arquiteturas podem surgir a partir da combinação
de domínios ou módulos polipeptídicos, da mesma forma que
brinquedos diferentes podem ser construídos a partir de
combinações do mesmo conjunto de blocos Lego®. Explique, exemplificando, por quê a
presença de domínios múltiplos ou de módulos em proteínas podem
comprometer o estabelecimento de homologias entre sequências
polipeptídicas.
2. Quais são os tamanhos adequados de motivos conservados
para a pesquisa de homologia em bancos de dados e por quê motivos
muito pequenos ou muito grandes causam problemas na caracterização
de homologias?
3. Descreva sucintamente a estratégia de construção de
bancos de dados contendo Blocos ("blocks").
4. Descreva sucintamente a estratégia de pesquisa de
homologia por perfis.
5. A maior parte dos domínios proteicos são muito antigos,
uma vez que encontram-se presentes em organismos muito
diversos. Como a pesquisa da estrutura de proteínas em suas unidades
mais fundamentais pode apoiar a busca pela caracterização do
L.U.C.A. (ancestral comum mais recente)? Na sua opinião, isso
poderia ajudar a indicar a natureza do primeiro ser vivo?