Questionário 4
(para 20/09/2021)
Texto: Sievers, F., Barton, G. J. e Higgins, D.G .Multiple
Sequence Alignments. In: Baxevanis, A. D., Ader, G.D. e Wishart,
D.S. (2020). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of
genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 227-250.
1. Quais são as situações que mais dificultam a obtenção de
alinhamentos múltiplos?
2. O que você entendeu a respeito dos testes de desempenhos
(benchmarks) descritos no texto?
3. Explique o princípio do método hierárquico de alinhamento.
4. Os autores fazem uma lista de procedimentos práticos para
executar a tarefa de alinhamento múltiplo (Making an Alignment:
Practical Issues, pg 231). Quais críticas você poderia fazer em
relação a essas sugestões?
5. Quais são as características do programa Clustal Omega?
6. Os autores fazem uma comparação bastante extensa dos programas de
alinhamento múltiplo mais utilizados. Caso você tenha experiência em
fazer esse procedimento, essa comparação irá te fazer mudar os
programas que você usa? Por quê? Caso você não tenha experiência com
alinhamenos múltiplos, qual programa você escolheria para alinhar:
a) Poucas sequências (<100) não muito longas (<10000 pb) de
DNA.
b) Muitas sequências (>500) e longas (>10000 pb) de DNA.
Justifique a sua resposta.
Texto adicional: Rausch, T. e Reinert, K. (2011). Practical
Multiple Sequence Alignment. In: Heath, L.S. e
Ramakrishnan, N. Problem Solving Handbook in Computational Biology
and Bioinformatics. pp. 21-43. Springer.