Questionário 3

(para 13/09/2021)

Texto: Baxevanis, A. D. Assessing pairwise sequence similarity: BLAST and FASTA. Cap.3 In: Baxevanis, A. D., Ader, G.D. e Wishart, D.S. (2020). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 45-78.

1. Quando há homologia sem similaridade e similaridade sem homologia?

2. O que significa a "complexidade" de um trecho de uma sequência de monômeros de uma macromolécula?

3. Que padrões ocorrem quando se emprega o "dotplot" em:
a) regiões complexas mas que se repetem internamente na sequência?
b) regiões de baixa complexidade?

4. Quais são as diferenças básicas entre as matrizes PAM e BLOSUM, com relação às maneiras como elas são calculadas e com relação às situações nas quais elas devem ser empregadas?

5. Qual é o princípio de funcionamento do algoritmo utilizado no programa BLAST? O que significam as suas variações BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX e MEGABLAST?

6. Qual é o princípio de funcionamento do algoritmo empregado no programa FASTA?

7. Defina: HSP, BLAST, BLASTN, BLASTP nr, EST, gss e LCR.

8. Qual é o problema de se fazer pesquisa em bancos de dados com sequências de baixa complexidade? Como esse problema pode ser evitado?