Projeto 9
(para 10/11/2021, entrega até 24/11/2021)
Instale o programa MrBayes. O programa pode ser obtido aqui para várias
plataformas. O manual do programa encontra-se aqui. Leia atentamente
as suas instruções.
Teste o programa usando esse conjunto de dados, que é fornecido junto com
ele, conforme o manual : primates.nex.
Siga as instruções passo a passo do capítulo 2 do manual do MrBayes.
Os três arquivos abaixo têm o mesmo conjunto de sequências (trecho
de DNA mitocondrial de 38 espécies de mamíferos). Escolha
cerca de umas 12 dessas sequências e use os programas MrBayes e MEGA
para reconstruir a filogenia com os métodos de distância com
bootstrap, máxima parcimônia (também com bootstrap, usando métodos
heurísticos) e de inferência bayesiana. Se você tiver um pouco de
paciência e usar heurísticas rápidas, é possível usar todas as
sequências. Anote os parâmetros utilizados nas análises onde isso
seja relevante (modelo usado na correção de distâncias, modelo de
substituição nucleotídica, frequências nucleotídicas, sítios
invariáveis, distribuição de taxas, etc.). Compare os
resultados obtidos e responda:
1. Houve diferenças nas topologias obtidas? Caso haja diferenças,
verifique se elas foram em ramos curtos ou longos.
2. Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes" obtidos
nas análises de distâncias e de máxima parcimônia. O que você pode
dizer a respeito dessa comparação?
3. Faça a reconstrução filogenética com o método bayesiano com o
programa MrBayes, usando como parâmetros o modelo GTR + gama (6
categorias). Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes"
das análises de distâncias e de máxima parcimônia com os valores de
probabilidade "a posteriori" obtidos na análise Bayesiana. O que
você pode dizer a respeito dessa comparação?
4. (opcional). Usando os dados de exemplo fornecidos com o programa
MrBayes (primates.nex), faça o teste para relógio molecular rigoroso
(item 4.5, página 57 do manual do MrBayes). Faça o teste com o mesmo
conjunto de dados do trecho do genoma mitocondrial de mamíferos que
você vem usando.
5. (opcional). Repita as análises com o programa
Beast2, que pode ser obtido aqui.
Compare a análise (e também a praticidade e clareza das instruções)
com aquela feita com o MrBayes.
Material
Arquivos com o mesmo alinhamento de um trecho da sequência do genoma
mitocondrial de alguns mamíferos, contendo as sequências dos genes
tRNA-Phe, rRNA 12S, tRNA-Val, rRNA 16S, tRNA-Leu e ND1.
trecho1_ali.fas, formato "fasta".
trecho1_ali.meg, formato "MEGA".
trecho1_ali.nex, Formato "Nexus".
OBS: Os arquivos NÃO contém a extensão ".txt" no final do
nome. Programas de Windows tendem a adicionar automaticamente essa
extensão.
Os mamíferos "novos" (além daqueles incluídos no projeto 4) são:
Meriones_meridianus = Meriones meridianus, Gerbil, roedor da
Ásia, Rodentia, Muridae.
Allocricetulus_eversmanni = Allocricetulus eversmanni,
Hamster do Cazaquistão, Rodentia, Cricetidae.
Callithrix_kuhlii = Callithrix kuhlii, Sagui de Wied, Primates,
Cebidae.
Homo_denisova = Sem nome científico ainda, Homem de Denisova,
Primates, Hominidae.
Homo_sapiens_neanderthalensis = Homo sapiens neanderthalensis, Homem
de Neandertal, Primates, Hominidae.
Nyctalus_noctula = Nyctalus noctula, Morcego arborícola
grande. Chiroptera, Vespertilionidae.
Graphiurus_kelleni = Graphiurus kelleni, sem nome em
português, "Kellen' s dormouse". Rodentia, Gliridae.
