Projeto 7

(para 20/10/2021, entrega até dia 27/10/2021)

Filogenias a partir de distâncias. Uso do programa MEGA.

1. Carregue o arquivo de sequências, já alinhadas, de RNA e de ND2 de genomas mitocondriais abaixo, que já estão em formato MEGA.
2. Verifique, para cada um dos arquivos, os sítios invariáveis, os variáveis e os informativos para parcimônia.
3. Descubra o significado das opções "pairwise deletion" e "complete deletion".
4. Calcule a matriz de distâncias para alguns modelos (P. ex. distância P, JC69, K2P, etc.), com a opção "complete deletion".
5. Observando as matrizes obtidas, responda as seguintes questões:
    a) Como estão distribuidos os sítios invariáveis nos dois trechos?
    b) Como os modelos modificam a proporção de diferenças nos dois casos?
    c) Qual seria o melhor modelo para cada um dos casos?
6. Utilizando as distâncias mais apropriadas, segundo o que você aprendeu na teoria, reconstrua a filogenia das sequências concatenadas, empregando o método UPGMA.
7. Repita o procedimento 6 com o método de Neighbor-joining.
8. Responda:
   d) O método UPGMA produz árvore completamente ultramétrica, enquanto o Neighbor-joining não tem essa restrição. Essa diferença implicou em mudança de topologia?
e) Em quais situações essa mudança na topologia foi mais pronunciada, com relação ao comprimento de ramos internos?

Entregue somente as respostas de a) até e)

As sequências concatenadas estão aqui.
Arquivos das sequências separadas:

ND2

rRNA 16S, tRNA (val), rRNA 12S