Projeto 6

Filogenias por máxima parcimônia.

(para 06/10/2021, entrega até 20/10/2021)

1. Carregar o arquivo de sequências já alinhadas de RNA e de ND2 de genomas mitocondriais de mamíferos abaixo.
2. Escolher 13 sequências, incluindo aquela de Ornitorrinco, que será sempre utilizada como grupo externo. A escolha é feita eliminando-se as sequências não desejadas. É importante que se escolha conjuntos diferentes para cada aluno, para podermos discutir a respeito das possíveis diferenças entre as análises. Por isso NÃO USE AS PRIMEIRAS 13 SEQUÊNCIAS OU AS 13 ÚLTIMAS!
3. Utilizando o programa MEGA, procurar a árvore de máxima parcimônia com o algoritmo exato de busca "Max-min branch & bound". Gravar a árvore obtida. Guardar o número total de passos. Registrar o tempo utilizado.
4. Manipular a árvore, atribuindo o grupo externo ao Ornitorrinco. Faça também a rotação de ramos de tal forma que as ordens de mamíferos tradicionais fiquem próximas.
5. Repetir a análise, com as mesmas sequências, utilizando um método heurístico, mudando os parâmetros da busca. Anotar os parâmetros empregados, o tempo decorrido e o número de passos.
6. Repetir a análise, adicionando mais 5 sequências também anotando o número de passos e o tempo decorrido.
7. Responder:

a) Houve diferenças entre o método exato e o método heurístico na escolha da topologia e no número de passos?

b) Foi necessário mudar os parâmetros da análise heurística para chegar na árvore mais parcimoniosa obtida pelo método exato com as sequências escolhidas no ítem 2?

c) Estime o tempo necessário para obter a filogenia de máxima parcimônia com o método exato por extrapolação do tempo utilizado na análise com menos sequências. Dica: assuma o tempo como proporcional ao número de árvores possíveis.

As sequências concatenadas estão aqui.

Opcional (tem versões para Windows, Linux e Mac):
Utilizando o programa TNT, faça uma busca heurística das árvores mais parcimoniosas e encontre a árvore consenso daquelas com o menor número de passos.
Compare os resultados com aqueles obtidos com o programa MEGA, especialmente a respeito de encontrar o mesmo número de passos e com relação ao tempo decorrido.

O programa TNT pode ser encontrado aqui. O arquivo, no formato "Nexus" simplificado que pode ser usado pelo programa TNT pode ser encontrado aqui. Compare esse arquivo com um arquivo também no formato "Nexus" a ser gerado pelo MEGA por você.