(para 29/09/2021, entrega até
06/10/2021)
Use o programa Cn3D conforme seu sistema operacional (website do NCBI
)
1. Acesse o site do NCBI.
2. Dentro do Menu "pop up" cuja opção inicial é "All Databases" ,
selecione "Structure".
3. Digite (em inglês) o nome de uma proteína de seu interesse e
pressione o botão "Search". Sugestões: Lysozyme, RNAse,
Haemoglobin,
4. Se aparecerem registros, selecione um deles clicando no link
correspondente.
5. Obtenha a estrutura em formato cn3 (formato binário), clicando
em "View in Cn3D". O arquivo abrirá no programa Cn3D. Explore a
molécula.
6. Anote o código PDB (4 caracteres alfanuméricos).
7. Obtenha no PDB
o arquivo no formato PDB da molécula correspondente.
8. Explore o arquivo PDB (que é um arquivo texto), localizando as
informações da sequências e posições dos átomos.
9. Leia sobre o software VAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml)
10. Procure, com o auxilio da opção "pre computed results" do
VAST, estruturas semelhantes, usando a pesquisa pelo código PDB na
caixa de entrada "Show Similar Structures for: "
Dica importante: Os resultados mais interessantes para essa
atividade são aqueles onde as sequências forem menos similares.
11. Selecione algumas estruturas para ver o alinhamento que foi
produzido com o VAST com auxílio do programa Cn3D.
Para entregar:
Faça uma apreciação sobre a sua experiência com essa atividade,
ressaltando os aspectos que lhe trouxeram mais novidades. Entre em
detalhes (moléculas, arquivos, etc.) sobre essa atividade
somente se forem necessários para a sua apreciação.