Projeto 4

2. Abra o arquivo de sequências, em formato "fasta", trecho1.fas. Trata-se de um trecho do genoma mitocondrial de espécies de mamíferos, onde:

Ovis = Ovis aries, ovelha, Peryssodactyla, Bovidae

Oryctolagus = Oryctolagus cuniculus, coelho selvagem europeu, Logomorpha, Leporidae

Dasypus = Dasypus novemcinctus, tatu, Xenarthra, Dasypodidae

Ceratotherium = Ceratotherium simum, rinoceronte branco, Perissodactyla, Rhinocerotidae

Macropus = Macropus robustus, canguru, Marsupialia, Macropodidae

E_asinus, Equus asinus, jumento, Peryssodactyla, Equidae

Rhinoceros = Rhinocerus unicornis, Rinoceronte indiano, Perissodactyla, Rhinocerotidae

E_caballus, Equus caballus, cavalo, Peryssodactila Equidae.

Didelphis = Didelphis virginiana, gambá ("opossum"), Marsupialia, Didelphidae.

Halichoerus = Halichoerus grypus, foca cinzenta, Pinipedia, Phocidae

Homo = Homo sapiens, gente, Primates, Hominidae

P_troglodytes = Pan troglodytes, chimpanzé, Primates,  Hominidae

Phoca = Phoca vitulina, foca comum, Pinipedia, Phocidae

B_physalus = Balaenoptera physalus, baleia fin, Cetacea

B_musculus =Balaenoptera musculus, baleia azul, Cetacea

Bos = Bos taurus, vaca, Peryssodactyla, Bovidae

Ornithorhynchus = Ornithorhynchus anatinus, ornitorrinco, Monotremata

Gorilla, Gorilla gorilla,  gorila, Primates, Pongidae

Erinaceus = Erinaceus europaeus, ouriço cacheiro, Insectivora, Erinaceidae.

Felis = Felis catus, gato doméstico Carnivora, Felidae

Hylobates = Hylobates lar,  gibão, Primates, Hylobatidae.

Pongo = Pongo pygmaeus, Orangotango, Primates, Hominidae

P_paniscus = Pan paniscus, chimpanzé pigmeu ou bonobo, Primates, Hominidae

Rattus = Rattus norvegicus, rato, Rodentia, Muridae

Sus = Sus scrofa, porco, Artyodactyla, Suidae

Mus = Mus musculus, camundongo, Rodentia, Muridae

Papio = Papio hamadryas, babuíno, Primates,  Cercopithecidae.

Loxodonta = Loxodonta africana, elefante, Proboscidae

Hippopotamus = Hippopotamus amphibius, Artiodactyla, Hippopotamidae

Canis = Cannis familiaris, cachorro doméstico, Carnivora, Canidae.

Artibeus, Artibeus jamaicensis, morcego jamaicano, Chiroptera, Phyllostomidae

As sequências correspondem a uma série de genes do genoma mitocondrial que correspondem a tRNAs, rRNA e a proteína ND1, o registro de Ovis começa assim:

LOCUS       NC_001941              16616 bp    DNA     circular MAM 21-APR-2009
DEFINITION  Ovis aries mitochondrion, complete genome.
ACCESSION   NC_001941
VERSION     NC_001941.1  GI:5835554
DBLINK      Project:10764
KEYWORDS    .
SOURCE      mitochondrion Ovis aries (sheep)
  ORGANISM  Ovis aries
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Bovidae; Caprinae; Ovis.
REFERENCE   1  (bases 1 to 16616)
  AUTHORS   Hiendleder,S., Lewalski,H., Wassmuth,R. and Janke,A.
  TITLE     The complete mitochondrial DNA sequence of the domestic sheep (Ovis
            aries) and comparison with the other major ovine haplotype
  JOURNAL   J. Mol. Evol. 47 (4), 441-448 (1998)
   PUBMED   9767689
REFERENCE   2  (bases 1 to 16616)
  AUTHORS   Hiendleder,S.
  TITLE     A low rate of replacement substitutions in two major Ovis aries
            mitochondrial genomes
  JOURNAL   Anim. Genet. 29 (2), 116-122 (1998)
   PUBMED   9699271
REFERENCE   3  (bases 1 to 16616)
  AUTHORS   Hiendleder,S., Mainz,K., Plante,Y. and Lewalski,H.
  TITLE     Analysis of mitochondrial DNA indicates that domestic sheep are
            derived from two different ancestral maternal sources: no evidence
            for contributions from urial and argali sheep
  JOURNAL   J. Hered. 89 (2), 113-120 (1998)
   PUBMED   9542158
REFERENCE   4  (bases 1 to 16616)
  CONSRTM   NCBI Genome Project
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (12-JUL-2004) National Center for Biotechnology
            Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
REFERENCE   5  (bases 1 to 16616)
  AUTHORS   Hiendleder,S., Wassmuth,R. and Lewalski,H.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (19-AUG-1998) Animal Breeding and Genetics,
            Justus-Liebig-University, Ludwigstr. 21B, Giessen 35390, Germany
  REMARK    Sequence update by submitter
REFERENCE   6  (bases 1 to 16616)
  AUTHORS   Hiendleder,S., Wassmuth,R. and Lewalski,H.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (26-JUN-1997) Animal Breeding and Genetics,
            Justus-Liebig-University, Ludwigstr. 21B, Giessen 35390, Germany
COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. The reference sequence was derived from AF010406.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..16616
                     /organism="Ovis aries"
                     /organelle="mitochondrion"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="Merinolandschaf"
                     /db_xref="taxon:9940"
                     /tissue_type="liver"
                     /note="haplotype B (European type)"
     tRNA            1..68
                     /product="tRNA-Phe"
     rRNA            69..1026
                     /product="12S ribosomal RNA"
     tRNA            1027..1093
                     /product="tRNA-Val"
     rRNA            1094..2667
                     /product="16S ribosomal RNA"
     tRNA            2668..2742
                     /product="tRNA-Leu"
                     /codon_recognized="UUR"
     gene            2745..3699
                     /gene="ND1"
                     /db_xref="GeneID:808249"
     CDS             2745..3699
                     /gene="ND1"
                     /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A
                     residues to the mRNA"
                     /codon_start=1
                     /transl_except=(pos:3699,aa:TERM)
                     /transl_table=2
                     /product="NADH dehydrogenase subunit 1"
                     /protein_id="NP_008406.1"
                     /db_xref="GI:5835555"
                     /db_xref="GeneID:808249"
                     /translation="MFMINVLTLIIPILLAVAFLTLVERKVLGYMQFRKGPNVVGPYG
                     LLQPIADAIKLFIKEPLRPATSSISMFILAPILALTLALTMWIPLPMPYPLINMNLGV
                     LFMLAMSSLAVYSILWSGWASNSKYALIGALRAVAQTISYEVTLAIILLSVLLMNGSF
                     TLSTLIITQEQVWLIFPAWPLAMMWFISTLAETNRAPFDLTEGESELVSGFNVEYAAG
                     PFALFFMAEYANIIMMNIFTTTLFLGAFHNPYMPELYTINFTIKSLLLSITFLWIRAS
                     YPRFRYDQLMHLLWKNFLPLTLALCMWHVSLPILLSSIPPQT"
     tRNA            3701..3769
                     /product="tRNA-Ile"
     tRNA            complement(3767..3838)
                     /product="tRNA-Gln"
     tRNA            3841..3909
                     /product="tRNA-Met"

para plataforma Windows:
OBS:  Conforme o navegador, o arquivo trecho1.fas é gravado no formato texto com a mudança de linhas compatível com a plataforma Windows (quebra CR+LF). Pode também acontecer de que o arquivo seja gravado com a extensão oculta ".txt" (sendo o nome real "trecho1.fas.txt", mas que aparece como "trecho1.fas") . Verifique as propriedades do arquivo e tome as providências necessárias para que o arquivo fique com a extensão ".fas" somente.

3. Selecione algumas sequências (cerca de 15) e realize um alinhamento múltiplo com o Clustal (interno ao Mega), fornecendo as penalidades de abertura e extensão de lacunas para alinhamentos par a par e múltiplo. Verifique o tempo gasto. Visualize o alinhamento e grave-o em arquivo.

4. Repita a etapa 3 quantas vezes achar conveniente com outros parâmetros (penalidades de abertura e extensão de lacunas), tentando achar as combinações que produzam resultados mais satisfatórios.

5. Localize as regiões mais problemáticas e identifique-as.

6. Repita os ítens 3 a 5 com o programa Muscle, também interno ao Mega.

7. Compare os resultados. Envie as suas impressões sobre os alinhamentos produzidos e, principalmente, como foi a sua experiência na alteração das penalidades.