Projeto 3
(de 15/09/2019, entrega até dia 22/09 às 14h00)
1. Instale o programa MB no computador. Explore as suas
características.
(http://www.molbiosoft.de/index.htm).
Obs: Para Windows
Para Linux:
Caso não tenhainstalado ainda, instale o Wine (https://www.winehq.org/)
No aplicativo "Terminal", digite os seguintes comandos (depois
de // inclusive não é para digitar):
cp -r /var/mb ~/ //Uma única vez
wine ~/mb/mb.exe // Toda vez que for usar o MB
2. Analise, com o auxílio da ferramenta "dot plot", as sequências
abaixo, e envie sua interpretação.
>seq1
aggatggaagtgcagttagggctgggaagggtctaccctcggccgccgtccaagacctac
cgaggagctttccagaatctgttccagagcgtccgcgaagtgatccagaacccgggcccc
aggcacccagaggccgcgagcgcagcacctcccggcgccagtttgctgctgctgcagcag
cagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcaagagactagccccaggcag
cagcagcagcagcagggtgaggatggttctccccaagcccatcgtagaggccccacaggc
tacctggtcctggatgaggaacagcaaccttcacagccgcagtcggccctggagtgccac
cccgagagaggttgcgtcccagagcctggagccgccgtggccgccagcaaggggctgccg
cagcagctgccagcacctccggacgaggatgactcagctgccccatccacgttgtccctg
ctgggccccactttccccgg
>seq2
caccctgaggccacgagcgcagcacctcccggtgcccgtttgcagcagcagcaccagcac
cagcagcagcaccagcaccaggaaaccagtcctcggcggcagcagcagcagcagcctgag
gatggctctgactcctcaagaccagagcagaggctccacaggctacctggccctggacga
cagcagccttcacaacaccagtcagcgcccaagggccatccagagagtggctgcgttcca
gagcctggagctgcttcagccaccggcaaggggctgcagcagcagcagccagcaccaccg
gacgaggatgactcagctgccccatccacgttgctgggccccactttcccgggcttaagt
agctgttctaccgatcttaaagacatcctgagcgaggccggcaccatgcaactcttagta
cttcagcggcagcggcagcggcagcagcaacgacagcagcagcagcagcagcagcagcag
cagcagcagcagcagcagca
3. Utilize a ferramenta web "Dotlet" para o mesmo propósito.
(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet,
nova versão beta em http://dotlet.vital-it.ch)
4. Utilize a ferramenta web Blast2sequences para o alinhamento entre
essas sequências.
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq)
5. Destaque os pontos positivos e negativos dessas ferramentas.
6. Use a ferramenta MEGABLAST do site do NCBI para descobrir de onde
vieram essas sequências.
7. Atividade bônus (Windows somente):
Experimente o programa Chromatic
Dot Plot, feito pelo Dr. David Rosenkranz, do Institute of
Anthropology, Johannes Gutenberg University em Mainz.